Belum optimalnya keterlibatan pemangku kepentingan dan para pengguna lulusan dalam memberi masukan terhadap penyusunan kurikulum. Lemahnya manajemen pengelolaan aset dalam pengelolaan aset-aset Universitas Cenderawasih baik di kampus Jayapura maupun lokasi lain.
Keterbatasan fasilitas pendukung perpustakaan, minimnya koleksi, serta minimnya sarana dan prasarana pendukung bagi layanan perpustakaan yang prima.
Dosen masih kurang aktif mengakses kebijakan dan tawaran penelitian nasional dan instansi mitra, serta belum optimalnya keikutsertaan dosen dalam berbagai kegiatan pengabdian masyarakat.
Kurangnya keterlibatan mahasiswa dalam kegiatan P2M oleh dosen dibarengi dengan rendahnya minat mahasiswa untuk melakukan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat.
Terbatasnya fasilitas dan anggaran penelitian serta publikasi ilmiah dan kurangnya dokumentasi/pendataan publikasi tiap kegiatan penelitian. Belum optimalnya pemanfaatan teknologi informasi yang tersedia untuk mendukung pelaksanaan penelitian, pengabdian kepada masyarakat serta kerja sama.
Uncen Punya Peluang
Namun Dr. Septinus Saa punya optimisme Uncen punya peluang dalam pengembangan Ipteks terbuka luas bagi perguruan tinggi. Terbukanya kesempatan luas bagi Universitas Cenderawasih untuk berperan dalam masyarakat internasional seiring dengan perhatian dunia terhadap lingkungan. Terbitnya UU No.12 Tahun 2012 memberi peluang melakukan diversifikasi pendidikan akademik, vokasi, dan profesi.
Dukungan pengembangan oleh pemerintah melalui skema BOPTN. Semakin meningkatnya kepercayaan publik terhadap Universitas Cenderawasih. Penugasan Pemerintah sebagai pusat unggulan pendidikan profesi guru.
Kemitraan dengan institusi baik di dalam maupun di luar negeri yang ditujukan untuk pengembangan kelembagaan dan tata kelola. Pembaharuan dalam sistem pendidikan, meliputi pembaharuan kurikulum secara profesional, penyusunan standar kompetensi lulusan yang berlaku secara nasional dan daerah menyesuaikan dengan kondisi setempat; penyusunan standar kualifikasi pendidik yang profesional; penyusunan standar pendanaan pendidikan sesuai prinsip pemerataan dan keadilan; pelaksanaan manajemen berbasis sekolah dan otonomi perguruan tinggi; serta penyelenggaraan pendidikan yang terbuka.
